O clube que não disputou nenhuma competição oficial da FPF em 2025, deve retomar suas atividades de olho na próxima temporada, principalmente no Campeonato Paulista sub-23 da Segunda Divisão, ou seja, a quinta divisão do futebol paulista.
Com a impugnação da escolha da diretoria do Fernandópolis F.C. em 27 de fevereiro, foi constituída a junta para convocação de nova eleição composta pelos ex-presidentes do clube: Jerri Messias da Silva e Ademir Jesus de Almeida e a publicitária Bárbara Graziele Barbosa Melo. Conforme rege o estatuto do clube, o prazo para nova eleição é após 60 dias desta impugnação.
Na noite da última quinta-feira (8.mai) ocorreu no Palácio 22 de Maio “Edson Rolim”, Câmara Municipal de Fernandópolis o pleito para definir a escolha da diretoria do Fernandópolis Futebol Clube no biênio 2025-2026.
Para iniciar foi convocado os membros da junta, onde, a integrante Bárbara Graziele Barbosa Melo enviou um documento datado de 7 de maio, pedindo renúncia. Para dar sequência ocorreu a sua substituição pelo integrante da Torcida Fúria Azul, André Ribeiro.
Os conselheiros em unanimidade concordaram dar sequência na votação, com a apresentação de apenas da chapa Avante Fefecê, presidida por José Fernando Lemes da Silva, popular Zé do Gás.
Após realizada a eleição, a chapa Avante foi aclamada a vencedora do pleito com 92,31 dos votos, dos 26 votantes, ocorreram 01 voto branco e 01 nulo e ainda tiveram 02 abstenções dos presentes que tinham direito a voto.
Desta forma, ficou decidido que José Fernando Lemes da Silva, Zé do Gás e Álvaro Zonta, ambos ex-presidentes e diretores do clube, presidirão o Fernandópolis Futebol Clube no biênio 2025-2026.
O clube em 2025 não disputará nenhuma competição oficial da FPF (Federação Paulista de Futebol), devendo retomar suas atividades em 2026 no Campeonato Paulista sub-23 da Segunda Divisão, ou seja, a quinta divisão do futebol paulista.